В министерстве назначены квалифицированные специалисты, ответственные за противодействие коррупции. Специалисты сформировали и реализуют план мероприятий по противодействию коррупции, который включает систематизации и актуализации нормативной правовой базы в области противодействия коррупции, предотвращению и урегулированию конфликта интересов. В министерстве созданы системы запретов, ограничений и требований, установленных в целях противодействия коррупции, системы критериев привлечения к ответственности за коррупционные правонарушения, а также системы анализа и проверки данных в рамках профилактики коррупционных и иных правонарушений.

Активно работает Общественный совет при министерстве ЖКХ и энергетики Новосибирской области, который контролирует деятельность министерства в том числе в сфере коррупционных правонарушений, добиваясь более открытой и гласной системы принятия решений и их реализации.